बनावट कागदपत्रांच्या आधारे परमीट रूमचा परवाना मिळविल्याप्रकरणी राज्य उत्पादन शुल्क विभागाकडून ठाण्यातील कोपरी पोलिस ठाण्यात समीर वानखेडे यांच्या विरोधात गुन्हा दाखल करण्यात आला. आता पोलिसांकडून कधीही अटक होवू शकते या भीतीपोटी वानखेडेंनी मुंबई उच्च न्यायालयात याचिका दाखल करत संरक्षण देण्याची मागणी केली. याबाबत न्यायालयाने सरकारी वकीलांकडे याबाबतची विचारणा केली असता अटकेपासून संरक्षण देण्याबाबतची कोणतीही हमी देता येत नसल्याचे उत्तर दिल्याने न्यायालयाने २८ फेब्रुवारी पर्यत संरक्षण दिले.
राज्य उत्पादन शुल्क विभागाकडून केलेल्या तक्रारीनंतर ठाणे जिल्हाधिकारी नार्वेकर यांनी वानखेडे यांच्या परवान्याबाबत सुनावणी घेत वानखेडे यांच्या परमीट रूमचा परवाना कायमचा रद्द करण्याचा निकाल दिला. त्यानंतर राज्य उत्पादन शुल्क विभागाने सदर निकालाच्या आधारे कोपरी पोलिस ठाण्यात समीर वानखेडे यांच्या विरोधात गुन्हा दाखल केला. या दोन्ही निर्णयाच्या विरोधात वानखेडे यांनी दोन स्वतंत्र याचिका उच्च न्यायालयात दाखल केल्या. त्यावरील एका याचिकेवर न्यायालयाने पुढील आठवड्यात सुणावनी घेणार असल्याचे स्पष्ट केले. तर दुसऱ्या याचिकेवर सुणावनी घेतली.
कोपरी पोलिस ठाण्यात दाखल करण्यात आलेल्या गुन्ह्याच्या पार्श्वभूनीवर अटकेपासून संरक्षण मिळावे यासाठी वानखेडे यांनी दाखल केलेल्या याचिकेत राष्ट्रवादी काँग्रेसचे प्रवक्ते तथा मंत्री नवाब मलिक यांच्या जावयाला एनसीबीत कार्यरत असताना अटक केल्याचा सूड उगवण्यासाठी आपल्या विरोधात ही कारवाई सुरु करण्यात आल्याचा दावा वानखेडे यांनी केला.
राज्य सरकारने मात्र समीर वानखेडेंच्या याचिकेला जोरदार विरोध करण्यात आला. त्यावर राज्य सरकार त्यांना अटकेपासून संरक्षण देणार का? असा सवाल केल्यानंतर सरकारी वकीलांनी अशी हमी देता येत नसल्याचे स्पष्ट केले. त्यावर न्यायालयाने प्राथमिक तपास सुरु असताना अटकेची गरज का? अशी विचारणा करत याचिकाकर्ता हा केंद्रीय तपास यंत्रणेचा अधिकारी असताना अटकेसाठी इतका अट्टहास का? अशी विचारणा केली. तरीही सरकारी वकीलांनी आपल्या मतावर ठाम असल्याचे सांगितले.
त्यावर अखेर मुंबई उच्च न्यायालयाने समीर वानखेडे यांना २८ तारखेपर्यंत अटकेपासून संरक्षण देण्याचा निर्णय देत वानखेडे यांना दिलासा दिला.