२००८ साली मालेगांव येथे झालेल्या बॉम्बस्फोट खटल्यात लेफ्ट.कर्नल प्रसाद पुरोहित यांचा सहभाग असल्याच्या प्रकरणी मुंबई पोलिसांनी आणि नंतर एनआयएने अटक केली. तसेच याप्रकरणी पुरोहित यांने बॉम्बस्फोट प्रकरणातील आरोपींना प्रशिक्षण दिल्याचा आणि अनेकांच्या गाठीभेटी घेतल्याची माहिती पुढे आली होती. केंद्रात भाजपाचे सरकार आल्यानंतर प्रसाद पुरोहित यांना जामिन मिळाला. त्यानंतर आपल्यावरील आरोप काढून टाकावे यासंदर्भात मुंबई उच्च न्यायालयात याचिका प्रसाद पुरोहित यांनी दाखल केली होती. त्यावर आज न्यायालयाने निकाल देताना स्पष्ट केले की, जर पुरोहित हे बॉम्बस्फोटाच्या कटाशी संबधित माहिती गोळा करत होते, पण त्या स्फोट घडविण्यापासून रोखू शकले नसल्याचे सांगत पुरोहित यांच्यावरील आरोप काढून टाकता येत नाही असे स्पष्ट करत याचिका फेटाळून लावली.
यावेळी मुंबई उच्च न्यायालयाने विचारणा केली की, लेफ्ट. कर्नल प्रसाद पुरोहित हे जर या प्रकरणाच्या अनुषंगाने अभिनव भारत या संघटनेची माहिती काढण्याच्या कार्यालयीन कामगिरीवर होते, तर त्यांनी बॉम्बस्फोट का रोखला नाही? त्यामुळे ६ निष्पाप लोकांचा बळी गेला तर १०० जण जखमी झाले. याचा अर्थ बॉम्बस्फोट न रोखल्याने या ६ निष्पाप लोकांच्या मृत्यूला आणि १०० जणांच्या जखमी होण्याला कारणीभूत ठरत असल्याचे स्पष्ट होत असल्याचा निर्वाळा देत त्यामुळे त्यांच्यालवरील गुन्हे रद्दबातल करता येत नसल्याचे सांगत न्यायालयाने पुरोहित यांची याचिका फेटाळून लावली.
Even otherwise indulging into an activity of a bomb explosion
causing death of six persons is not an act done by the Appellant in his official
duty. – #BombayHC says rejecting the discharge application.#2008MalegaonBlast #Purohit pic.twitter.com/HtdC8KppRW— Live Law (@LiveLawIndia) January 2, 2023
२००८ साली मालेगांव येथे झालेल्या बॉम्बस्फोटप्रकरणी आताच्या खासदार साध्वी प्रज्ञासिंह ठाकूर, प्रसाद पुरोहित यांच्यासह अनेकांना अटक करण्यात आली होती. त्यानंतर एनआयएने या प्रकरणाचा तपास सुरु केला. या घटनेच्या निमित्ताने देशातील भगवा दहशतवाद उघडकीस आला. तसेच कर्नल पुरोहित, साध्वी प्रज्ञासिंह ठाकूर यांचे भाजपाच्या अनेक बड्या नेत्यांसोबतचे फोटोही व्हायरल झाले होते.
केंद्रात भाजपाचे सरकार येण्याच्या काही दिवस आधी साध्वी प्रज्ञा सिंह ठाकूर आणि प्रसाद पुरोहित यांना जामिन मिळाला. त्यानंतर भाजपाने साध्वी प्रज्ञासिंह ठाकूर यांना उमेदवारी देत खासदारकीही बहाल केली. सध्या साध्वी प्रज्ञासिंह ठाकूर आणि कर्नल पुरोहित हे जामिनावर बाहेर आहेत.